神谕局男女特工穿越时空，对抗时空扰乱组织的阴谋，其间与明朝东林书院兄弟发生了一系列爱恨纠缠：女主因与古人坠入爱河自行切断与组织联系，试图逆转该人悲惨的历史命运，却身陷迷局；男主生性冷酷，任务为首，却在执行任务过程中被兄弟感化，最后融入其中，迎接他所替代的角色的历史命运。影片以神谕局修正历史为终结，却给了历史中注定命运悲惨的角色们一个热血的开放式结局。

影片讲述了郑荣郑良兄弟二人自小便无父无母受尽欺凌，后来得兵部尚书杨大人收养后，成为锦衣卫。开国大将青玉将军意图举兵叛乱，郑荣奉命尽责，听从安排执行抄杀任务。东厂督主刘青对锦衣卫招摇自大嫉恨在心，利用杨大人挑起方明山与郑氏兄弟之间的矛盾，并利用青玉案中方明山假公济私铲除异己的罪行来铲除锦衣卫在朝堂的势力。郑荣因被设计陷害而错杀义父，陷入无尽的自责。最终查明真相，作证人扳倒方明山。郑良搞清楚真相，于是在郑荣被押解去边疆的途中，偷袭劫囚，解救郑荣，两人联手与东厂殊死一搏铲除刘青。

一夜前朝国师陵墓被盗，丢失墓中珍宝飞鸢珠，奉命镇守陵墓的锦衣卫天城玩忽职守被治罪，危难之际他向千户大人请求戴罪立功，三日之内必将宝物寻回否则甘受惩罚。天城探查宝物踪迹结识摘星楼花魁，二人几次交锋后天城隐约感觉飞鸢珠的丢失与摘星楼有千丝万缕的关系，但摘星楼与东厂宦官势力有错综复杂的联系，一时间天城对摘星楼束手无策。与此同时六扇门捕头探查城中少女失踪案与天城的飞鸢珠被盗案线索汇聚到了一起，俩人最终判定两起案件都与东厂势力相关。天城和六扇门捕头奉命缉拿督主一场恶战，无奈对方武功高强危难之际花魁挺身而出与督主同归

土木之变，双龙夺位，英宗率旧部夺回皇位。代宗太子在贴身公公保护下逃出皇宫却中了锦衣卫指挥使的暗箭。数年后，代宗太子化名穆川水，变身太监入宫图谋复仇。此时英宗病危，当朝太子与裕王夺嫡之争愈演愈烈。穆川水一路算计百出，除掉裕王与当年的锦衣卫指挥使，助儿时玩伴登上皇位。他也如愿坐上了东厂督主之位，一人之下万人之上，似乎离目标又近了一步。然而他提拔的小太监柳传道，竟然得知其真正身份，不仅另立西厂与他分庭抗礼，且向皇上说出他的前朝皇子真身。一时宫中波诡云谲，这皇城之中究竟谁能稳坐江山？

本剧根据徐克执导的3D武侠电影《龙门飞甲》改编，延续了龙门客栈的传奇，结合了宫闱之争的秘史，既是一场刀光剑影，尔虞我诈的乱世江湖，又是一段腥血雨，勾心斗角的深宫谍影。