特利迦奥特曼与黑暗巨人的战斗结束数年之后，地球再次迎来了和平的年代。现在已经基本见不到怪兽的踪影了，怪兽带来的灾害影响也已经渐渐地淡出了人们的视线。人类已经开辟了火星移居地，并打算组建新的队伍开辟第二个火星移居地。地球上的人类开始了探索宇宙的征程，现在进入了新领域时代。结果，在探索的过程中，宇宙神秘生命体斯非亚突然出现在了主人公明日见奏大所在的小队面前。斯菲亚对地球发起了侵略，并断绝地球和宇宙的一切通讯，地球变成了“孤岛行星”。奏大原本在宇宙港送货，结果却遇到了斯菲亚的袭击。奏大为了掩护其他人逃走陷入了死

迪迦离开后的第8年，即2017年，主人公飞鸟信的父亲飞鸟一马，是在光中消失的宇航飞行员。当时的飞鸟还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。飞鸟长大后，加入了地球和平联合组织TPC，在一次模拟战争中一举击败了SUPER GUTS的王牌飞行员由美村良，然而此时他却遇到了宇宙球体“斯菲亚”，虽然他奋力战斗，却寡不敌众。此时他看见了神秘的光，成为了继大古后的第二个光之巨人人间体。当飞鸟清醒过来时，他已经莫名其妙地成为了SUPER GUTS的队员了，是由美举荐了他。在火星的一次战斗中，斯