蓝海医院院长周霖面对日益严重的医患矛盾，感觉有些倦意，尤其是蓝海医院被定为医疗改革试点单位后，更觉得力不从心，卫生厅刘会计遭人谋杀，巨额回扣款丢失又将他卷入漩涡。令周霖欣慰的是两个得意门生：冷傲孤寂的李卫国，临床经验丰富，手术干净利落，外号“小李飞刀”；热情开朗的陆一鸣，剑桥学成归来，满怀抱负，锐意改革。面对医改这个重大课题，是进行手术还是保守疗法，两位老同学的分歧暴露出来。加之平日面对安乐死、艾滋病、江湖游医等这些新鲜而非常的个案，两人的矛盾日渐激化。

2005年春，一个号称投资上亿，名为HRD的医药项目将落户蓝海。蓝海市两家龙头企业，南华制药和东森制药展开了激烈的竞争。南华的老板郭林打算在这次的竞争中一举击败东森的老板李小军，以了结双方多年来的宿怨。恰在此时，人称“贼公子”的熊伟为报父仇，潜入了郭林家，试图寻找置郭林于死地的证据，结果却意外碰上郭林的妻子方华和郭林的司机刘成仁偷情。熊伟从保险柜里拿走了一个U盘和部分现金。未曾想，他的这一举动成了引发蓝海市血雨腥风的导火线。不久刘成仁被人追杀，手指被砍掉，南华发生了爆炸，郭林心腹廖主任受伤。刑警队长刘建平